Koyun peyniri ile inek peyniri farkı, yalnızca tatlarıyla sınırlı kalmaz; besin değerlerinden üretim yöntemlerine, kullanım alanlarından sindirim etkilerine kadar birçok açıdan değişiklik gösterir. Özellikle doğal beslenme tercih eden tüketiciler için bu farklar, doğru seçim yapmada belirleyici olabilir.